1. Сразу видно, если что-то пошло не так. Кроме того, как мне думалось, тепло меньше уходит.

Вообще, я неоднократно слышал, что это делается "чтобы не пропало". Поэтому:

2. Это уже с помощью гугла, но выводы мои личные. Самая потенциально портящаяся часть продукта - то, что дольше всего смотрело во внешний мир в процессе закрытия, тоесть, верх варенья. Очень опасное время для стухания - это через первые несколько часов, когда уже тепло, но ещё не горячо, условия для размножения всякой гадости хорошие. Поэтому перевернув банку, мы лишаем потенциально проблемную зону кислорода.